Тренерскую карьеру Пертия начал в 2008 году, возглавив даугавпилсский "Динабург". В конце сезона-2009 правление Латвийской футбольной федерации исключило "Динабург" из числа участников высшей лиги чемпионата Латвии, а президента клуба Олега Гаврилова и Тамаза Пертию пожизненно дисквалифицировала. В качестве обвинения им вменялось участие в тотализаторе и манипуляция результатами игр.
В июне 2010 года Пертия был амнистирован и назначен на пост главного тренера даугавпилсской "Даугавы". Спустя год грузинский тренер покинул "Даугаву" и возглавил рижский "Олимп", занявший в 2011 году последнее место в высшей лиге Латвии и вылетевший в первую лигу. Пертия после этого перешел на работу с ЮФЦ "Сконто".